Kehidupan damai Kenshin Himura yang lebih dikenal dengan Batosai si pembantai dari jaman perang di sebuah dojo usai sudah sebuah musuh baru yang juga memiliki julukan pembantai seperti dirinya berencana melakukan pemberontakan.
Berbeda dengan Kenshin, Shishio Makoto datang kemedan perang dengan sebuah alasan keji dan ambisi untuk menguasai jepang. Melihat situasi ini ketika era baru dimulai dengan berakhirnya perang pemerintah memutuskan untuk menghabisi Shishio, siapa sangka dirinya selamat dan saat ini merencanakan untuk menuntut pembalasan, sanggupkah Batosai menghentikan ambisi Shishio.?
